Nació en Cambados, provincia de Pontevedra, en el año 1876. Hijo de Guardia Civil, estudió la carrera de Magisterio, la que su familia le podía costear. Trabajó como profesor y logró pagarse los estudios de Medicina en la Universidad de Santiago de Compostela. Opositó y obtuvo la plaza de Oficial Médico de la Armada Española. Sin embargo, tras pasar un breve periodo como oficial médico, solicitó la baja y se trasladó a la Comarca de Mos para vivir su verdadera vocación, la de médico rural. Se instaló en Porriño y allí contrajo matrimonio y tuvo cinco hijos.
Su fama como médico no solo fue glosada por otros médicos en las publicaciones clínicas del momento, sino que llegó incluso a la fraseología popular: cuando alguien sufría una enfermedad aguda que dejaba entrever pocas posibilidades de curación, era frecuente que alguien dijera: «A tí no te salva ni Varela».
Sus inquietudes culturales le llevaron a participar en las tertulias literarias de la Botica Nova en Vigo; a colaborar en periódicos como El Lince o La Integridad de Tuy; y a escribir tres novelas, una de ellas en portugués: De la comedia lusitana: apuntes para una historia de la revolución portuguesa.
Su inquietud humanista le llevó a ponerse en contacto con buena parte de la intelectualidad gallega del momento. Participó en las tertulias de la Botica Nova, organizadas por el hermano de Antonio Palacios, y en las que, además del propio arquitecto, participaban personajes como Ramón Cabanillas, el médico Darío Álvarez Limeses, Jaime Solá, los pintores Antón Medal y José Otero Abeledo, conocido como Laxeiro, el industrial y los galleguistas Enrique Peinador Linares y Alfonso Daniel Manuel Rodríguez Castelao, el escritor y abogado Valetín Paz Andrade, José María Álvarez Blázquez, el violinista Quiroga y el pintor Maside, quien ejecutó una hermosa caricatura al Doctor. Todos ellos fueron amigos y admiradores de la profesionalidad de nuestro protagonista.
Manuel Paz Varela fue también vicepresidente de la sección de literatura del Ateneo de Vigo, donde pronunció, en el año 1921, una serie de conferencias sobre la estética en la obra literaria de Eça de Queirós.
Dicen que su vida estuvo llena de anécdotas. La más conocida, sin duda, y la que ha contribuido a su leyenda, está relacionada con la causa de su fallecimiento.
Una de aquellas noches frías y lluviosas de Galicia, fue llamado para asistir a un enfermo de una parroquia. Como siempre, el Doctor Paz Varela subió a su caballo y solícito acudió en auxilio de quien le necesitaba, adentrándose en la húmeda oscuridad que cubría los montes. Tras consultar y recetar lo necesario, el enfermo curó al poco tiempo. Manuel Paz Varela contrajo el virus que padecía su paciente y enfermó de una afección respiratoria aguda que en pocos días le llevó a conocer a aquella muerte con la que durante toda su vida había luchado, al lado de los pobres y de los desahuciados de la comarca. Fue el 30 de diciembre de 1938. Tenía 62 años.